厚労省300億円創薬基金で恩恵を受ける関連銘柄｜ペプチドリーム・中外製薬・塩野義製薬の動き

創薬スタートアップ支援300億円基金で何が変わるか

厚生労働省が整備する300億円規模の基金は、研究開発の早期段階から実用化まで「切れ目のない支援」を設計した点が特徴です。内閣府健康・医療戦略推進事務局が2026年1月21日に公表した資料によれば、令和7年度補正予算では厚労省の「革新的医薬品等実用化支援基金事業」に481億円、経産省の「創薬ベンチャーエコシステム強化事業」に3,500億円が計上されており、国費ベースで1,800億円程度のパッケージが動き始めています。経済産業省も創薬ベンチャーエコシステムの強化策として、欧米比で開発資金を確保しにくい現状の是正を明確に掲げています。

この構造が生み出す最初の変化は、国内の創薬スタートアップ数の増加です。資金供給の安定化はベンチャー設立のハードルを下げ、研究拠点への設備投資需要を直接押し上げます。恩恵を受ける大手として、GLP-1受容体作動薬の米FDA承認（2026年4月1日）でグローバルな創薬力を示した中外製薬(4519)や、鳥居薬品の完全子会社化で低分子創薬を強化する塩野義製薬(4507)が挙げられます。両社は基金の寄付主体として名前が挙がる可能性があるとともに、スタートアップとの共同研究・導出先としての役割も担います。

ペプチドリーム株への影響と創薬バイオベンチャー関連銘柄の動き

注目すべきは、大手よりもプラットフォーム型のバイオベンチャーへの影響です。ペプチドリーム(4587)は2006年に東大発バイオベンチャーとして創業し、SciencePortalが2025年10月17日に報じたように、「ペプチド創薬のグローバルハブ」としての地位を確立しています。同社はすでに塩野義製薬と複数のペプチド－薬物複合体創製に向けた包括的な共同研究契約を締結しており、日本経済新聞が2019年1月に報じたこの連携は創薬エコシステム内での位置づけを示す典型例です。スタートアップ数が増えれば、ペプチド技術のライセンス先・共同研究先が増加するという構造が働きます。

精密化学品メーカーの日本化学工業(4092)は、医薬用素材・原料の供給増という経路で恩恵が生じます。スタートアップの増加は小ロット・高純度原料の調達量を押し上げ、既存の大ロット供給体制とは異なる柔軟な対応力を持つメーカーへの引き合いが強まります。

見落とされやすい分析機器・素材メーカーへの影響

投資家がまず注目しない領域として、分析機器メーカーへの波及があります。医薬品製造プロセスでは品質管理の厳格化が求められ、スタートアップが新たに拠点を構えるたびにHPLC・質量分析計・分光光度計といった機器が導入されます。島津製作所(7701)はこうした分析機器の国内最大手として、創薬拠点の新設ラッシュが続く局面で安定した機器需要を取り込む位置にあります。

さらに意外な候補として日本特殊陶業(5334)が浮かびます。同社はセンサー・点火プラグのイメージが強いものの、精密セラミックス技術を活かした医療・分析機器向け部品を手がけており、カスタム仕様の小ロット部品を必要とする創薬スタートアップ向け装置の受託製造という需要経路が存在します。

一方で、この流れが逆風になりうる企業もあります。OTC医薬品・化粧品主体のロート製薬(4527)は2026年3月期に売上高3,437億円・営業利益411億円と好決算を記録しましたが、国の資金・人材が革新的創薬側へシフトする構造は、既存事業モデルとの競合というよりも優秀な研究人材の採用競争激化という形で間接的な圧力となります。日本オラクル(4716)については、創薬データ管理クラウドの領域で国産・専門特化型ソリューションへの置き換え圧力が高まる可能性があり、スタートアップエコシステムの拡大は必ずしも既存の汎用ITベンダーへの追い風にはなりません。